Orale Mikrobiologie ist die Untersuchung der Mikroorganismen (Mikrobiota) der Mundhöhle und ihrer Wechselwirkungen zwischen oralen Mikroorganismen oder mit dem Wirt. Die im menschlichen Mund vorhandene Umgebung ist für das Wachstum der dort vorkommenden charakteristischen Mikroorganismen geeignet. Es bietet eine Wasser- und Nährstoffquelle sowie eine gemäßigte Temperatur. Im Mund ansässige Mikroben haften an den Zähnen und am Zahnfleisch, um einer mechanischen Spülung vom Mund in den Magen zu widerstehen, wo säureempfindliche Mikroben durch Salzsäure zerstört werden.