Das Journal of Vaccines & Vaccination folgt einem doppelblinden Peer-Review-System. Der Rezensent kennt die Identität des Autors nicht, und der Autor kennt die Identität des Rezensenten nicht. Für die Gesamtzahl der Artikel in jeder Ausgabe gibt es mindestens drei oder mehr Gutachter. Das Magazin ist für die Veröffentlichung durch klinisches, medizinisches oder Gesundheitspersonal, Studierende, Fachleute und Forscher sowie Berufsgruppen und Institutionen bestimmt.
Jedes eingereichte Manuskript wurde einer vorläufigen Qualitätskontrolle durch die Redaktion unterzogen, gefolgt von einem externen Peer-Review-Verfahren. Normalerweise ist die vorläufige Qualitätskontrolle innerhalb von 7 Tagen abgeschlossen und bezieht sich hauptsächlich auf die Formatierung der Zeitschrift, die englische Sprache und den Umfang der Zeitschrift.