Das Journal of Infectious Diseases & Diagnosis wird von zwei Gutachtern begutachtet: dem Redaktionsausschuss oder benannten Gutachtern. Die Zeitschrift verwendet ein doppelblindes Peer-Review-Verfahren, bei dem Gutachter und Autoren während des gesamten Begutachtungsprozesses anonym bleiben. Der Begutachtungsprozess kann mehr als einmal durchgeführt werden, um sicherzustellen, dass jedes Manuskript den Standards der Zeitschrift entspricht.