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Das Journal of Data Mining in Genomics & Proteomics folgt einem doppelblinden Peer-Review-System. Den Rezensenten ist die Identität der Autoren nicht bekannt, und auch die Autoren sind sich der Identität der Rezensenten nicht bewusst. Die Zeitschrift begrüßt alle Arten von Forschungskommunikation in Form von Original-Forschungsartikeln, Rezensionen und Kurzmitteilungen.