Journal of Clinical Microbiology: Open Access folgt einem Single-Blind-Peer-Review-System. Den Gutachtern ist die Identität der Autoren bekannt, und auch die Autoren sind sich der Identität der Gutachter nicht bewusst. Die Zeitschrift begrüßt alle Arten von Forschungskommunikation in Form von Original-Forschungsartikeln, Rezensionen und Kurzmitteilungen.