Zeitschrift für Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrakt

Die Sequenzierung des gesamten Exoms zeigt eine Kombination seltener Varianten mit hoher und niedriger Penetranz, die mit dem relativen Risiko für familiären Brustkrebs korrelieren

Ben Rekaya Mariem, Hamdi Yosr, El Benna Houda, Mejri Nessrine, Jaidane Olfa, Ayari Jihene, Ben Nasr Sonia, Dallali Hamza, Messaoud Olfa, Meddeb Rym, Mighri Najah, Boujemaa Maroua, Boubaker Mohamed Samir, Haddaoui Abderazek, Mrad Ridha, Boussen Hamouda, Abdelhak Sonia, Labidi Soumaya1

Ziel: Unser Ziel war es, alle seltenen pathogenen und häufigen Varianten in nicht verwandten Brustkrebsfällen (BC) gleichzeitig zu untersuchen und zu identifizieren.

Methoden: Alle zuvor in Tunesien identifizierten häufigen Mutationen in BRCA-Genen wurden durch Sanger-Sequenzierung bei 42 betroffenen Frauen mit hohem familiären Risiko und mindestens 3 an Krebs erkrankten Verwandten ausgeschlossen. Zwei nicht verwandte Fälle mit zwei unterschiedlichen Familiengeschichten wurden für die Sequenzierung des gesamten Exoms ausgewählt. Ausgewählte Hochrisikovarianten wurden bestätigt und eine Segregationsanalyse durchgeführt.

Ergebnisse: Wir haben in drei Fällen eine pathogene Frameshift-Variante mit Funktionsverlust in BRCA2 p.Val1283Lysfs und in zwei von Brustkrebs betroffenen Fällen eine pathogene seltene Variante in OGG1, p.Arg46Gln, identifiziert, die mit einer seltenen Nonsense-Variante in BRCA2, p.K3326X, ko-segregiert. Diese Varianten wurden in Tunesien oder Nordafrika noch nie beschrieben.

Schlussfolgerung: Die Familienanamnese und das junge Erkrankungsalter bei Patient F1.1 korrelieren mit dem Vorhandensein einer hochpenetranten Variante (p.Val1283Lysfs) im BRCA2-Gen. Das späte Erkrankungsalter und der weniger schwere Phänotyp bei Patient F2.2 sind jedoch die Folge des Vorhandenseins einer niedrigpenetranten Variante Lys3326X in BRCA2, die nur in BC-Fällen mit einer pathogenen Variante p.Arg46Gln im OGG1-Gen ko-segregiert.