Zeitschrift für Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrakt

Visualisierung genomischer Hochdurchsatzdaten mit R und Bioconductor

Ruchi Yadav und Prachi Srivastava

DNA-Microarrays sind eine Technologie, mit der der mRNA-Spiegel in bestimmten Zellen oder Geweben für viele Gene gleichzeitig gemessen werden kann. In der Molekularbiologie führen Microarrays zu riesigen Datensätzen, die einer rigorosen computergestützten Analyse bedürfen, um biologische Informationen zu extrahieren, die zu bestimmten Schlussfolgerungen führen. Vom Drucken des Microarray-Chips bis hin zum Hybridisierungs- und Scanvorgang führt dies zu Schwankungen in der Datenqualität, wodurch tatsächliche Informationen entweder verloren gehen oder überrepräsentiert sind. Computergestützte Analysen spielen eine wichtige Rolle bei der Verarbeitung der in den Microarray-Ergebnissen eingebetteten biologischen Informationen und beim Vergleich von Genexpressionsdaten, die aus verschiedenen Proben unter unterschiedlichen Bedingungen gewonnen wurden, zur biologischen Interpretation. Eine grundlegende, aber anspruchsvolle Aufgabe ist die Qualitätskontrolle und Visualisierung von Microarray-Genexpressionsdaten. Eine der beliebtesten Plattformen für Microarray-Analysen ist Bioconductor, ein Open-Source- und Open-Development-Softwareprojekt zur Analyse und zum Verständnis genomischer Daten, das auf der Programmiersprache R basiert. In diesem Dokument werden spezifische Verfahren zur Durchführung einer Qualitätsbewertung des Affymetrix-Genchips unter Verwendung von Daten aus der GEO-Datenbank GSE53890 beschrieben und Qualitätskontrollpakete des Bioleiters mit Bezug auf Visualisierungsdiagramme zur detaillierten Analyse beschrieben. Dieses Dokument kann für jeden Forscher hilfreich sein, der an Mikroarray-Analysen zur Qualitätskontrollanalyse des Affymetrix-Chips sowie an wissenschaftlichen Interpretationen arbeitet.