Zeitschrift für Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrakt

Einheiten: Universal True SDSA (Strukturabhängige Sequenzausrichtung)

Scott Foy und Gerald Wyckoff

Motivation: Das Universal True SDSA-Programm (Structure-dependent Sequence Alignment, strukturabhängige Sequenzausrichtung) oder UniTS berechnet die wahrscheinlichste Aminosäuresequenzausrichtung, die aus mehreren übereinander liegenden dreidimensionalen Proteinstrukturen abgeleitet wird. Zusätzlich berechnet UniTS unter Verwendung dieses neu generierten SDSA verbesserte Qualitätsbewertungsergebnisse (z. B. RMSD usw.) für die übereinander liegenden Proteinstrukturen. Obwohl andere Algorithmen entwickelt wurden, um eine Aminosäuresequenzausrichtung aus ausgerichteten dreidimensionalen Proteinstrukturen unter Verwendung atomarer Nähe abzuleiten, verwaltet keiner von ihnen mehrere Restübereinstimmungen angemessen, verhindert die falsche Anordnung von Resten und richtet strukturell nicht konservierte Regionen sequenziell aus. UniTS gleicht die Schwächen aus, die in SDSA-Programmen auf Basis von Restprofilen und Strukturausrichtungsprogrammen inhärent sind. Im Gegensatz zu den SDSA-Programmen auf Basis von Restprofilen, die als Vorläufer von Threading und Homologiemodellierung verwendet werden, ist UniTS wirklich strukturabhängig. Ergebnisse: Die hier vorgestellten Ergebnisse zeigen, dass UniTS die universelle Sequenzausrichtung für das vollständige Protein im Vergleich zur partiellen Sequenzausrichtung berechnet, die aus Strukturausrichtungsprogrammen abgeleitet wird. Darüber hinaus zeigen diese Ergebnisse die Fähigkeit von UniTS, die Sequenzalignment-Eingabe in ein Superpositionierungsprogramm zu verfeinern und diese verfeinerte Alignment zu nutzen, um verbesserte Bewertungen der Strukturqualität zu berechnen. Schließlich ist die Fähigkeit zur Generierung von Qualitätsbewertungen