Zeitschrift für Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrakt

Untersuchung der Auswirkungen der Shenqifuzheng-Injektion (SFI) auf Mikro-RNAs in menschlichen dendritischen Zellen

Yuwh H, Sze WH, Yip DMY, Cho SP, Boost WCS, Zhang MV, Fan Z, Ng K, Ng MCH, Yeung JWC, Hung A, H WH, Chong GSL und Lee RLP

Methode: Diese Studie verwendete einen zweistufigen Ansatz. Zuerst verwendeten wir eine robuste DC-Zelllinie, um jene miRNA zu identifizieren, die an der DC-Aktivierung beteiligt sein könnten; dann folgte eine Bestätigung mit aus Monozyten gewonnenen DC, die näher an realen physiologischen Kontexten waren. Die THP-1-Zelle, eine menschliche monozytische Leukämie-Zelllinie, hat sich bereits für die In-vitro-Studie von DC als nützlich erwiesen. In dieser Studie identifizierten wir eine Reihe potenzieller miRNA-Kandidaten in den durch SFI aktivierten DCs unter Verwendung eines MicroRNA-Arrays aus 381 bekannten menschlichen miRNAs (Sanger miR Base, Version 14). miR-22, miR-107 und miR-200a wurden dann aus den über 30 potenziellen miRNA-Kandidaten mit einer relativen Expressionsänderung von >2 ausgewählt, die in Übereinstimmung mit den in der Annotationsdatenbank-Pipeline miR Base abgerufenen rechnerischen Beweisen identifiziert wurden. Diese drei miRNAs wurden in einer Bestätigungsstudie mit aus Monozyten gewonnenen DCs (MDDC) aus peripheren mononukleären Blutzellen gesunder normaler Probanden (n=7) durch Quantifizierung mittels Real Time RT-PCR-Quantifizierung weiter auf Veränderungen in der Expression untersucht. Diese Ergebnisse wurden mittels Durchflusszytometrie mit den Expressionsniveaus von HLA-DR und CD80 auf den MDDCs korreliert. Ergebnisse: Die Bestätigungsergebnisse zeigten keine durchgängige Hochregulierung der Expressionen von miR22, miR107 und miR-200a aufgrund von SFI in den sieben MDDC-Proben. Darüber hinaus zeigten Testergebnisse an MDDCs nach Behandlung mit SFI in zwei verschiedenen Verdünnungen von 1/20 bzw. 1/40 über 24 Stunden Inkubation ebenfalls unbedeutende Expressionsänderungen von HLA-DR und CD80 (p>0,05). Darüber hinaus war die Korrelation zwischen der Expression dreier mi-RNAs und den Oberflächenexpressionsniveaus von HLA-DR und CD80 für MDDCs mit einer Behandlung mit SFI (verdünnt 1/20 für 1 Stunde), SFI (verdünnt 1/20 für 4 Stunden) und SFI (verdünnt 1/40 für 1 Stunde) statistisch nicht signifikant (p>0,05). Schlussfolgerungen: Eine erhöhte Expression der miRNAs miR-22, miR-107 und miR-200a wurde nur in der Zelllinie THP-1 festgestellt, konnte aber nicht konsistent in den MDDCs aus sieben menschlichen peripheren Blutproben nachgewiesen werden. Ob diese drei mi-RNAs also wirklich wichtige epigenetische Regulatoren während des SFI-Prozesses auf DC waren, ist unbekannt; dies erfordert weitere zukünftige Untersuchungen unter Verwendung mehrerer authentischer DC-Quellen.