Zeitschrift für Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrakt

Die höchste Mutation in der hypervariablen Region der mtDNA und die Anwendung der Biostatistik mit der Nukleotidbase X t-n zur Bestimmung der Identität der Mutation durch eine Übergangsintensitätsmatrix

Palit EIY und Ngili Y

Menschliche mitochondriale DNA (mtDNA) wird intensiv im Bereich der forensischen Identifizierung von Opfern oder Tatverdächtigen von Verbrechen durch biologische Beweise verwendet. Die Anzahl der mtDNA-Moleküle in einer einzelnen Zelle liegt bei Zehntausenden, was die Analyse von sehr kleinen oder beschädigten Proben ermöglicht. Bis jetzt gibt es keine Standardmethode zur Identifizierung mithilfe von mtDNA bei Massenopfern von Katastrophen wie Naturkatastrophen, Kriegen und Unfällen, sodass der Identifizierungsprozess nicht schnell ablaufen kann. Diese Studie hat C16.223t-Varianten in mtDNA-Sequenzen gefunden, die verwendet werden können, um die Datenbank in zwei Gruppen zu unterteilen und so den Identifizierungsprozess durch einen mathematischen Algorithmus zu beschleunigen. Diese Variante hat die höchste Häufigkeit (29,7 %) der 91 polymorphen menschlichen mtDNA HVS1 entlang der 300 Nukleotide (16.024–16.324), die aus der NCBI-Datenbank abgeleitet wurden, sowie 142 Sequenzen. MtDNA-Sequenzen wurden aus der Datensammlung papuanischer menschlicher mDNA-Gruppen gewonnen, die im NCBI veröffentlicht wurden. Die nächste Variante, die als Klassifikator in einer Zeile der Sequenz verwendet werden kann, ist 16.311; 16.304; 16.189 und 16.270 mit der Identität (T→c). Für eine Matrix ist Q umkehrbar, also könnten die Matrix und die entgegengesetzte Diagonale haben. Somit kann die obige Gleichung mithilfe der Diagonalmethode gelöst werden, die wie folgt geschrieben werden kann: ܳ = ܵ רܵ െ1. Diese Gleichung könnte die Anzahl von Übergängen und Transversions-Substitutionsmutationen zählen, die in einer Nukleotidsequenz von mtDNA auftreten. Mit dieser Gruppierung kann die Datenbank reduziert werden, um den Identifizierungsprozess von Proben zu beschleunigen. Die erwartete Methode der Gruppierung nach der Variante mit der höchsten Häufigkeit kann in der Kodierungsdatenbank für forensische Zwecke, beispielsweise für die Polizei, oder in der mtDNA-Datenbank für Studienzwecke der Anthropologie und Evolutionsbiologie entwickelt werden.