Zeitschrift für Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrakt

Ranking prokaryotischer Genome basierend auf der Maximierung der Sortierung der Genlängen

Bolshoy A, Salih B, Cohen I und Tatarinova T

Inwieweit Variationen der Genlänge (einige Gene werden länger als ihre Vorgänger, während andere kürzer werden und die Größen dieser Fraktionen von Organismus zu Organismus zufällig unterschiedlich sind) von der Evolution und Anpassung des Organismus abhängen, ist noch eine offene Frage. Wir schlagen vor, die Genome nach der Länge ihrer Gene zu ordnen und dann den Zusammenhang zwischen dem Genomrang und verschiedenen Eigenschaften wie Wachstumstemperatur, Nukleotidzusammensetzung und Pathogenität zu ermitteln. Dieser Ansatz deckt evolutionäre Antriebsfaktoren auf. Der Hauptzweck dieser Studie besteht darin, die Wirksamkeit und Robustheit mehrerer Rangordnungsmethoden zu testen. Die ausgewählte Bewertungsmethode misst die allgemeine Sortiertheit der Daten. Wir haben nachgewiesen, dass alle betrachteten Methoden konsistente Ergebnisse liefern und Bubble Sort und Simulated Annealing die höchste Sortiertheit erreichen. Außerdem ist Bubble Sort erheblich schneller als die Simulated Annealing-Methode.