Zeitschrift für Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrakt

Prädiktive Funktionalität von Bakterien in natürlich fermentierten Milchprodukten Indiens unter Verwendung von PICRUSt2- und Piphillin-Pipelines

H. Nakibapher Jones Shangpliang, Jyoti Prakash Tamang*

Produkte aus natürlich fermentierter Milch (NFM) sind in den indischen Bundesstaaten Sikkim und Arunachal Pradesh beliebte Delikatessen. Die Bakteriengemeinschaften in diesen NFM-Produkten aus Indien wurden zuvor mit der Hochdurchsatz-Sequenzierungsmethode analysiert. Die prädiktive Genfunktionalität von NFM-Produkten aus Indien wurde jedoch nicht untersucht. In dieser Studie wurden Rohsequenzen von NFM-Produkten aus Sikkim und Arunachal Pradesh vom MG-RAST/NCBI-Datenbankserver abgerufen. Die Tools PICRUSt2 und Piphillin wurden angewendet, um die Vorhersage mikrobieller funktioneller Gene zu untersuchen. MUSiCC-normalisierte KOs und zugeordnete KEGG-Signalwege von sowohl PICRUSt2 als auch Piphillin ergaben einen höheren Prozentsatz der ersteren im Vergleich zu den letzteren. Obwohl die Funktionsmerkmale aus beiden Pipelines verglichen wurden, gab es erhebliche Unterschiede zwischen den Vorhersagen. Daher bot eine konsolidierte Präsentation beider Algorithmen einen Gesamtüberblick über die prädiktiven Funktionsprofile im Zusammenhang mit der Mikrobiota der NFM-Produkte aus Indien.