Zeitschrift für Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrakt

PGR: Ein neuartiges Graph-Repository für Protein-3D-Strukturen

Wajdi Dhifli und Abdoulaye Baniré Diallo*

Graphentheorie und Graph Mining sind reichhaltige Felder computergestützter Techniken zur Untersuchung der Strukturen, Topologien und Eigenschaften von Graphen. Diese Techniken sind ein wertvolles Hilfsmittel in der Bioinformatik, wenn es effiziente Methoden zur Umwandlung biologischer Daten in Graphen gibt. In diesem Artikel stellen wir das Protein Graph Repository (PGR) vor, eine neuartige Datenbank mit in Graphen umgewandelten 3D-Proteinstrukturen, die die Verwendung des großen Repertoires an Graphentheorietechniken im Protein Mining ermöglicht. Dieses Repository enthält Graphdarstellungen aller derzeit bekannten 3D-Proteinstrukturen, die in der Protein Data Bank (PDB) beschrieben sind. PGR bietet außerdem einen effizienten Online-Konverter von 3D-Proteinstrukturen in Graphen, eine biologische und graphenbasierte Beschreibung, vorkalkulierte Proteingraphattribute und -statistiken, eine Visualisierung jedes Proteingraphen sowie ein graphenbasiertes Suchtool für Proteinähnlichkeiten. Ein solches Repository stellt eine Bereicherung bestehender Online-Datenbanken dar, die dazu beitragen wird, die Lücke zwischen Graph Mining und Proteinstrukturanalyse zu schließen. PGR-Daten und -Funktionen sind einzigartig und in keiner anderen Proteindatenbank enthalten. Das Repository ist verfügbar unter http://wjdi.bioinfo. uqam.ca/