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Abstrakt
NW-Algorithmus und ANFIS-Modellierung zur Ausrichtungsähnlichkeit des Triplex-Kapsidproteins des menschlichen Herpes-simplex-Virus
Vipan Kumar Sohpal, Apurba Dey und Amarpal Singh
Die optimale Sequenzähnlichkeit von Triplex-Kapsidproteinen des humanen Herpes-simplex-Virus (HHV) ist ein komplexes bioinformatisches Problem, das durch Alignment-Algorithmen, Substitutionsmatrix, Gap Penalty und Gap Extension gesteuert wird. Um die Alignment-Ähnlichkeit zu optimieren, ist eine präzise Wahl der Mutationsmatrix und ein geeigneter rechnerischer Ansatz für die Ähnlichkeitssuche erforderlich. In der vorliegenden Arbeit wird der Ansatz des Adaptive Neuro-Fuzzy Inference System (ANFIS) verwendet, um die Alignment-Ähnlichkeit für PAM- und Blosum-Substitutionsmatrizen zu modellieren und zu simulieren. Mutationsmatrix und Sequenzen von HHV-I und HHV-II wurden als Eingabeparameter des Modells verwendet. Das Modell ist eine Kombination aus Fuzzy-Inferenz, künstlichem neuronalen Netzwerk und einem Satz von Fuzzy-Regeln, die direkt aus der rechnerischen Analyse unter Verwendung des NW-Algorithmus entwickelt wurden. Der vorgeschlagene Modellierungsansatz wird durch Vergleich der erwarteten Ergebnisse mit den beobachteten praktischen Ergebnissen überprüft, die durch die rechnerische Analyse unter bestimmten Bedingungen erzielt wurden. Die Anwendung des ANFIS-Tests zeigt, dass die von einem vorgeschlagenen Modell vorhergesagte Substitutionsmatrix bei einem Signifikanzniveau von 0,5 % vollständig mit den experimentellen Werten übereinstimmt.