Zeitschrift für Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrakt

Nutzung lymphoblastoider Zelllinien zur Modellierung der Arzneimittelreaktion

Alison A Motsinger-Reif1,2 und Daniel M Rotroff1,2*

Lymphoblastoide Zelllinien (LCL) werden immer beliebtere Werkzeuge zur Modellierung der Arzneimittelreaktion. LCLs und andere In-vitro-Tests bieten die Möglichkeit, viele Arzneimittel, Dosierungen und biologische Proben relativ schnell und kostengünstig zu testen. Ein weiterer einzigartiger Vorteil von LCLs besteht darin, dass sie von einer großen Kohorte von Individuen verfügbar sind und so die Möglichkeit bieten, genetische Variabilität in einem Umfang zu testen, der in anderen In-vitro-Systemen nicht ohne weiteres möglich ist. Da die Genotypdaten häufig öffentlich verfügbar sind, können die Versuchskosten auf die Kosten der Phänotypisierung der Arzneimittelreaktion beschränkt werden. Hier beschreiben wir mehrere Vorteile und Einschränkungen von LCLs. Darüber hinaus überprüfen wir mehrere wichtige Aspekte des experimentellen Designs und der statistischen Analyse von LCLs. Abschließend präsentieren wir ein Beispiel für die erfolgreiche Verwendung von LCLs zur Identifizierung von Kandidaten für Einzelnukleotidpolymorphismen und Gene für Variabilität als Reaktion auf ein Chemotherapeutikum zur Behandlung von chronischer myeloischer Leukämie.