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Abstrakt

Einführung zur Erstellung einer vergleichenden Analyse von 16S rRNA-Gensequenzen mit amoA und nxrA für nitrifizierende Bakterien, die aus dem Feuchtgebiet im Osten von Kalkutta isoliert wurden: einem internationalen Ramsar-Standort

Saha M, Sarkar A und Bandhophadhyay B

Der Stickstoffkreislauf ist äußerst komplex und für das Leben auf der Erde von großer Bedeutung. Nitrifizierende Bakterien, die den Stickstoffkreislauf durchführen, spielen eine entscheidende Rolle bei der Kontrolle der Wasserqualität. Deshalb ist die Erstellung einer Datenbank genomischer Fingerabdrücke zur Überwachung und Kontrolle der genetischen Variabilität nitrifizierender Bakterien sehr wichtig und auch für die Festlegung eines Biosicherheitsprotokolls für die in verschiedenen Gebieten Westbengalens gelegenen Bheries. Die aktuellen evolutionären Beziehungen und die natürliche Vielfalt von Ammoniak oxidierenden Bakterien (AOB) und Nitrit oxidierenden Bakterien (NOB) basieren hauptsächlich auf vergleichenden Sequenzanalysen ihrer Gene, die für die 16S rRNA und das aktive Polypeptid der Ammoniakmonooxygenase (AmoA) und Nitritoxidoreduktase (NxrA) im Ost-Kolkata-Feuchtgebiet kodieren. Diese Studie hat die 16S rRNA- und AmoA-Datenbanken für AOB und die nxrA-Datenbanken für NOB erheblich erweitert. Daher kann entweder der funktionelle Marker (amoA oder nxrA) verwendet werden, um Ammoniakoxidierer aufzuspüren, oder der Strukturmarker (16S rDNA) kann verwendet werden, um bestimmte Arten in Umweltstudien aufzuspüren. Diese Techniken umfassten die Verwendung von 16S rDNA-Genen, um natürliche AOB- und NOB-Populationen zu charakterisieren und ihre taxonomischen und phylogenetischen Merkmale zu analysieren. Die aktuelle Wahrnehmung der AOB- und NOB-Phylogenese, die durch vergleichende 16S rRNA-Sequenzanalyse ermittelt wurde, konnte unabhängig durch Ausnutzung der Gene amoA und nxrA bestätigt und als alternativer phylogenetischer Marker erwiesen werden. Ziel unserer Arbeit ist es, das Potenzial des Gens der Ammoniak-Monooxygenase-Untereinheit A (amoA) und des Gens der Nitrit-Oxidoreduktase (nxrA) als funktionelle Marker für AOBs und NOBs zusammen mit der 16S rDNA-Sequenzanalyse in EKW zu untersuchen. Für die ökologische Überwachung könnten Gene wie amoA und nxrA, die spezifisch für die nitrifizierenden Bakterien sind und Gegenstand aktueller Forschungsarbeiten sind, ein zuverlässigeres Instrument sein.

Haftungsausschluss: Dieser Abstract wurde mit Hilfe von Künstlicher Intelligenz übersetzt und wurde noch nicht überprüft oder verifiziert.