Zeitschrift für Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrakt

Imex-basierte Analyse von Wiederholungssequenzen in Flavivirusgenomen , einschließlich Denguevirus

Chaudhary Mashhhood Alam, Asif Iqbal, Babita Thadari und Safdar Ali

Einfache Sequenzwiederholungen (SSRs), auch Mikrosatelliten genannt, sind Wiederholungsmotive aus 1–6 Nukleotiden, die in unterschiedlichen Iterationszahlen in codierenden und nichtcodierenden Regionen von Prokaryoten, Eukaryoten und Viren vorkommen. Die vorliegende Studie konzentriert sich auf einfache Sequenzwiederholungen (SSRs) in 27 Flavivirus-Genomen, zu denen auch das Dengue-Virus gehört. Die vergleichende virale Genomik im Lichte der SSRs würde uns helfen, die Vielfalt und Anpassungsfähigkeit an neue Wirte zu verstehen. In den 27 untersuchten Genomen wurden insgesamt 1164 SSRs und 53 cSSRs entdeckt. Mononukleotid A war das am weitesten verbreitete Wiederholungsmotiv mit einer durchschnittlichen Verteilung von etwa 6. Darauf folgte G (durchschnittliche Verteilung von 2). Unter den Dinukleotiden war das AG/GA-Wiederholungsmotiv mit einer durchschnittlichen Verteilung von 14 in den untersuchten Genomen am weitesten verbreitet. Dem Flavivirus-Genom fehlten zwei wesentliche Merkmale, die für die Genomentwicklung verantwortlich sind: das Dinukleotid-Wiederholungsmotiv AT/TA (am wenigsten vertreten mit einer durchschnittlichen Verteilung von ~0,5) und cSSR in nicht-kodierenden Regionen, was auf ein stabiles Genom oder eine Entwicklung durch bislang ungeklärte Mechanismen schließen lässt. Die Entdeckung konservierter Sequenzen in den Isolaten des Dengue-Virus legt eine Grundlage für die Entwicklung von Biomarkern für die Virusdiagnostik nahe.