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Abstrakt
Homologiemodellierung konservierter rbcL-Aminosäuresequenzen in der Familie Leguminosae
Sagar S. Patel, Megha B. Vaidya und Dipti B. Shah
Diese Studie konzentriert sich auf die Homologiemodellierung einiger Arten der Familie Leguminosae, die im indischen Bundesstaat Gujarat vorkommen. Es gibt drei Unterfamilien der Familie Leguminosae: Fabaceae (Papilionaceae), Caesalpiniaceae und Mimosaceae. Es wurde eine mehrfache Sequenzalignmentierung der rbcL-Proteinsequenzen einiger Arten in jeder Unterfamilie durchgeführt und konservierte Aminosäuren für die Homologiemodellierung berücksichtigt. Evolutionär verwandte Proteine haben ähnliche Sequenzen und natürlich vorkommende homologe Proteine haben eine ähnliche Proteinstruktur. Es wurde nachgewiesen, dass die dreidimensionale Proteinstruktur evolutionär stärker konserviert ist, als man allein aufgrund der Sequenzkonservierung erwarten würde; wir haben festgestellt, dass es einige Aminosäuren gibt, die in jeder Unterfamilie dieselben Basenpaare aufweisen, obwohl sie aus verschiedenen Gattungen stammen. Da in der PDB-Datenbank unserer Studie keine Proteinstruktur konservierter Aminosäuren verfügbar ist, haben wir eine Homologiemodellierung von drei rbcL-Proteinsequenzen (eine aus jeder Unterfamilie) durchgeführt, die in einer Mehrfachsequenzalignment- und Strukturvalidierung mit Ramachandran-Plot konserviert sind. Außerdem wurde der CASTp-Server verwendet, um aktive Stellen in der vorhergesagten Proteinstruktur und schließlich die Funktion jedes vorhergesagten Proteins zu ermitteln, die nach dieser Homologiemodellierung einiger konservierter rbcL-Aminosäuresequenzen in der Familie Leguminosae gemeldet wurde.