Zeitschrift für Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrakt

Genome Mining und Transkriptionsanalyse von Bacteriocin-Genen in Enterococcus faecium CRL1879

Suárez N, Bonacina J, Hebert EM und Saavedra L*

Unter 151 Bakterienisolaten aus neun handwerklich hergestellten Käsesorten zeigte Enterococcus faecium CRL 1879 antibakterielle Aktivität gegen den Lebensmittelpathogen Listeria monocytogenes. Das Isolat produzierte eine Proteinase-K-empfindliche Verbindung im zellfreien Überstand. Eine Genomanalyse zeigte das Vorhandensein von Enterocin A, Enterocin B, Enterocin P, Enterocin SE-K4-ähnlichen und Enterocin X-Biosynthese-Genclustern. Nukleotidsequenzen, die für ein mutmaßliches Zweikomponenten-Bakteriozin kodieren, wurden mithilfe bioinformatischer Tools nachgewiesen, hier Enterocin CRL1879αβ genannt. Eine Transkriptionsanalyse aller Bakteriocin-Gene mittels quantitativer Echtzeit-PCR-Analyse (qRT-PCR) ergab die Transkription jedes Enterocin-Gens auf unterschiedlichen Ebenen. Abschließend wurde die Verteilung der Bakteriozin-Gene in 251 E. faecium-Bioprojekten analysiert und mit den in E. faecium CRL1879 identifizierten verglichen. Die diskriminative Analyse zeigte, dass Bakteriozin-Gene bei Enterococcus weit verbreitet sind, unabhängig vom Ursprung des Stammes.

Die in dieser Abhandlung vorgestellten Ergebnisse sind insofern einzigartig, als hier zum ersten Mal nachgewiesen werden kann, dass ein aus handwerklich hergestelltem Käse isolierter E. faecium-Stamm über die komplette genetische Maschinerie zur Produktion von sechs Bakteriozinen der Klasse II und einem Bakteriozin der Klasse III verfügt.