Zeitschrift für Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrakt

Genome Mining und vergleichende genomische Analyse von fünf aus dem menschlichen Dickdarm und der Gallenblase isolierten koagulasenegativen Staphylokokken (CNS)

Ramesan Girish Nair, Gurwinder Kaur, Indu Khatri, Nitin Kumar Singh, Sudeep Kumar Maurya, Srikrishna Subramanian, Arunanshu Behera, Divya Dahiya, Javed N Agrewala und Shanmugam Mayilraj

Koagulase-negative Staphylokokken (CNS) verursachen beim Menschen bekanntermaßen verschiedene Arten von Infektionen, beispielsweise Endokarditis und Harnwegsinfektionen (HWI). Überraschenderweise fehlen in der Literatur Daten zur Genomanalyse von CNS, insbesondere solchen des Menschen. Vor diesem Hintergrund haben wir ein Genome Mining und eine vergleichende Genomanalyse der CNS-Stämme Staphylococcus cohnii subsp. cohnii Stamm GM22B2, Staphylococcus equorum subsp. Stamm equorum G8HB1, Staphylococcus pasturi Stamm BAB3 isoliert aus der Gallenblase und Staphylococcus haemolyticus Stamm 1HT3, Staphylococcus warneri Stamm 1DB1 isoliert aus dem Dickdarm durchgeführt. Wir haben 29 % gemeinsame Virulenzdeterminanten in den CNS-Stämmen identifiziert, darunter Resistenzen gegen Antibiotika und toxische Verbindungen, Bakteriozine und ribosomal synthetisierte Peptide, Adhäsion, Invasion, intrazelluläre Resistenz, Prophagenregionen und Pathogenitätsinseln. In unseren Stämmen waren auch 10 einzigartige Virulenzfaktoren vorhanden, die an Adhäsion, negativer Transkriptionsregulation, Resistenz gegen Kupfer und Cadmium sowie Phagenreifung beteiligt sind. Neben dem Vergleich der Genomhomologie, Größe und des G + C-Gehalts haben wir auch das Vorhandensein von 10 verschiedenen CRISPR-cas-Genen in den ZNS-Stämmen nachgewiesen. Darüber hinaus enthüllte die KAAS-basierte Annotation das Vorhandensein von ZNS-Genen in verschiedenen an menschlichen Krankheiten beteiligten Pfaden. Zusammenfassend lässt sich sagen, dass diese Studie ein erster Versuch ist, die Pathogenetik des ZNS zu enthüllen, das aus zwei unterschiedlichen Körperorganen isoliert wurde, und die Bedeutung des ZNS als neu auftretender Krankheitserreger im Gesundheitssektor unterstreicht.