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Abstrakt
Gene2Path: Ein Datenanalysetool zur Untersuchung von Genpfaden bei Fischen durch automatische Suche nach orthologen Genen
Natalia Ballesteros, Néstor Aguirre, Julio Coll, Sara I Pérez-Prieto und Sylvia Rodríguez Saint-Jean
Die meisten Daten zu Genregulationspfaden aus biochemischen und molekularen Experimenten stammen von Menschen oder von Arten, die häufig als Versuchstiermodelle verwendet werden. Dementsprechend sind die Softwarepakete zur Analyse dieser Daten auf der Grundlage spezifischer Genidentifikationscodes (IDs) oder Zugangsnummern (AN) nicht einfach auf andere Organismen anzuwenden, die auf genomischer Ebene weniger charakterisiert sind. Hier haben wir das Programm Gene2Path entwickelt, das automatisch Pfaddatenbanken durchsucht, um Microarray-Daten auf unabhängige, artspezifische Weise zu analysieren. Wir haben die Methode mit Daten veranschaulicht, die aus einem immunzielgerichteten Regenbogenforellen-Microarray gewonnen wurden, um nach orthologen Pfaden zu suchen, die für andere bekannte biologische Arten wie Zebrafische definiert sind, obwohl die Software auf jeden anderen Fall oder jede andere Art von Interesse angewendet werden kann. Die Skripte und das Programm sind kostenlos auf der „GENE2PATH“-Website http://gene2path.no-ip.org/cgi-bin/gene2path/index.cgi verfügbar. Ein Benutzerhandbuch und Beispiele werden mit dem Paket bereitgestellt. Die Gene2Path-Software ermöglicht die automatisierte Suche in NCBI-Datenbanken und die einfache Visualisierung der abgerufenen Daten basierend auf einer grafischen Netzwerkumgebung.