Zeitschrift für Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrakt

Genexpressionsniveau und Gensatzanreicherungsanalyse von Wirtsgenen

Yosuke Kondo, Satoru Miyazaki

Eine genomweite Analyse hat gezeigt, dass es nicht-proteinkodierende RNAs (ncRNAs) gibt, die in intronischen Regionen proteinkodierender Gene lokalisiert sind. Die intronischen ncRNAs sind in Intronen proteinkodierender Gene untergebracht, die als Wirtsgene bezeichnet werden. Unsere vorherige Studie berichtete über genomische Merkmale intronischer ncRNA-Gene und Wirtsgene. Die transkriptomischen Merkmale von Wirtsgenen wurden jedoch nicht untersucht. Hier berichten wir über eine Analyse des Genexpressionsniveaus von Wirtsgenen und untersuchen die biologischen Funktionen von Wirtsgenen. Unsere Ergebnisse zeigten, dass die Genexpressionsniveaus von Wirtsgenen tendenziell höher sind als die von Nicht-Wirtsgenen. Wirtsgene, die zwischen Mensch und Maus orthologe sind, haben konserviertere Expressionsniveaus als orthologe Nicht-Wirtsgene. Und Wirtsgene mit hohen Expressionsniveaus betreffen das Nervensystem, die Genexpression, die Proteinmodifikation und das Zytoskelett, während es bei Wirtsgenen mit niedrigen Expressionsniveaus meist keine angereicherten biologischen Funktionen gab. Diese Ergebnisse legen nahe, dass Wirtsgene eine charakteristische Transkriptquantifizierung und biologische Funktionen aufweisen. Die Eigenschaften könnten für die weitere Analyse der regulatorischen Wege der Genexpression des Wirts nützlich sein.