Zeitschrift für Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrakt

Dynamische Veränderungen der Mikrobiomzusammensetzung und genomischer Funktionspotenziale bei boviner Mastitis

M. Nazmul Hoque, Munawar Sultana, M. Anwar Hossain*

Wir bieten einen Mini-Review über die zuvor veröffentlichte Studie mit dem Titel „Mikrobiomdynamik des Fortschreitens von Rindermastitis und genomische Determinanten“, in der wir über die möglichen dynamischen Änderungen der Mikrobiomzusammensetzung berichteten, die durch ihre genomischen Funktionspotenziale in verschiedenen pathophysiologischen Stadien der Rindermastitis begünstigt werden. Unter Verwendung des hochmodernen Ansatzes der Gesamtmetagenomsequenzierung (WMS) berichteten wir über deutliche Unterschiede in der Zusammensetzung und Häufigkeit des Mikrobioms in den Metagenomen klinischer Mastitis (CM), rezidivierender klinischer Mastitis (RCM), subklinischer Mastitis (SCM) und gesunder (H) Milch (CM>H>RCM>SCM). Bakterien waren die vorherrschende mikrobielle Domäne (> 99,0 % relative Häufigkeit), gefolgt von Archaeen und Viren. Die dynamischen Änderungen der Bakteriomzusammensetzung in den vier Metagenomen wurden zahlenmäßig von 67,19 % der bisher nicht erfassten opportunistischen Stämme in den Mastitis-Metagenomen dominiert. Diese Studie berichtete auch über die einzigartige und gemeinsame Verteilung von Mikrobiomen über diese Metagenome hinweg. Neben der Zusammensetzung und Vielfalt des Mikrobioms berichtete die Studie über die Assoziation mehrerer Virulenzfaktor-assoziierter Gene (VFGs) und Antibiotikaresistenzgene (AGRs) in CM-, RCM-, SCM- und H-Mikrobiomen. Durch funktionelle Annotation wurden mehrere Stoffwechselwege erkannt, die mit verschiedenen Mastitisepisoden in Zusammenhang stehen. Daher zeigten die veröffentlichten Daten, dass Veränderungen der Mikrobiomzusammensetzung bei verschiedenen Arten von Mastitis, die gleichzeitige Bewertung von VFGS, ARGs und genomischen Funktionspotenzialen zur Entwicklung mikrobiombasierter Diagnostik und Therapien für Mastitis beitragen können und erhebliche Auswirkungen auf die Eindämmung der wirtschaftlichen Folgen dieser Krankheit haben.