Zeitschrift für Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrakt

Computergestützte Identifizierung, Charakterisierung und Analyse konservierter miRNAs und ihrer Ziele in Amborella Trichopoda

Hajieghrari B, Farrokhi N, Goliaei B und Kavousi K

MicroRNAs (miRNAs) sind einzelsträngige, nicht-kodierende, endogene kleine RNAs mit etwa 22 Nukleotiden, die direkt an der Regulierung der Genexpression auf posttranskriptioneller Ebene beteiligt sind. miRNAs spielen eine Schlüsselrolle bei der Entwicklung und der Reaktion auf biotische und abiotische Belastungen. Homologiesuchen ermöglichen die Identifizierung neuer miRNAs aufgrund ihrer relativ hohen Konservierung in Pflanzenarten. Hier wurden miRNAs für Amborella trichopoda identifiziert. Bekannte und einzigartige pflanzliche miRNAs aus miRBase wurden per BLAST gegen Expressed Sequence Tag (EST) und Genomic Survey Sequence (GSS) in A. trichopoda abgeglichen. Alle Kandidatensequenzen mit geeigneter Foldback-Struktur wurden anhand einer Reihe von miRNA-Filterkriterien gescreent. Schließlich identifizierten und analysierten wir die Konservierung von 5 potenziellen konservierten miRNAs, die zu 5 miRNA-Genfamilien aus ESTs gehören, sowie 82 neu identifizierte miRNAs, die von 39 miRNA-Familien aus GSSs abhängen. Potentielle Zielgene identifizierter miRNAs wurden anhand ihrer Sequenzkomplementarität zu den jeweiligen miRNAs unter Verwendung von psRNATarget gegen Scaffold-Zuordnung von A. trichopoda-Genomsequenzen identifiziert. Insgesamt wurden 1219 Zielstellen im Genom von A. trichopoda identifiziert. Davon wurden 941 (77,19 %) als Gegenstand einer miRNA-Spaltung vorhergesagt und 278 (22,81 %) Scaffolds wurden über die Translationsrepression von mRNA reguliert. Von den vorhergesagten miRNAs hatten 18 keine Zielsequenz in A. trichopoda.