Zeitschrift für Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrakt

Computergestützter Ansatz zur Identifizierung der Haupthistokompatibilitätskomplex-bindenden antigenen Peptide aus „Ascariasis“

Mishra S und Gomase VS

Ascaris lumbricoides verursacht beim Menschen „Ascariose“ und seine Beseitigung ist ein großes öffentliches Anliegen. In dieser aktuellen Untersuchung haben wir die MHC (Major Histocompatibility Complex) Klasse I und II-bindenden Peptide mit rechnerischen Ansätzen wie PSSM (Position Specific Scoring Matrices) und SVM (Support Vector Machine)-Algorithmen vorhergesagt. Wir sagen die Peptidbinder des Cytochrom b (Mitochondrium)-Proteins aus der Ascaris lumbricoide-Sequenz an MHC-I-Moleküle als 11mer_H2_Db, 10mer_H2_Db, 9mer_H2_Db, 8mer_H2_Db voraus. Die Studie integriert außerdem die Vorhersage der Peptidbindung an MHC-Klasse I, der proteasomalen C-terminalen Spaltung und der TAP-Transporteffizienz anhand der Sequenz und Eigenschaften der Aminosäuren. Außerdem haben wir die Bindung von Peptiden an verschiedene Allele anhand der Position Specific Scoring Matrix ermittelt. Cytochrom B von Ascaris lumbricoides (365 Reste lang) mit 357 Nonameren mit antigenen MHC-bindenden Peptiden. Ein PSSM-basierter Server wird die Peptidbinder aus der Sequenz an MHCII-Moleküle als I_Ab.p, I_Ad.p, I_Ag7 vorhersagen, die als antigene Epitopregionen in Cytochrom B von Ascaris lumbricoides gefunden werden. Diese Untersuchung kann bei der rationalen Impfstoffentwicklung hilfreich sein und gleichzeitig das Verständnis der Rolle des Immunsystems gegen Antigene verbessern.