Zeitschrift für Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrakt

Computergestützte Analyse des distanz- und charakterbasierten phylogenetischen Baums für Kapsidproteine ​​des humanen Herpesvirus

Vipan Kumar Sohpal, Apurba Dey und Amarpal Singh

Die molekulare Phylogenetik ist ein grundlegender Aspekt der Evolutionsanalyse und hängt von distanz- und merkmalsbasierten Methoden ab. In diesem Artikel vergleichen wir die viralen Kapsidproteine ​​von HHV, um die Beziehung zwischen Proteinen anhand von Substitutionsmodellen, einem phylogenetischen Modell mit erschöpfender Suche und ME-Techniken zu analysieren. Die Wirkung der Poisson-Korrektur mit Formparameter auf NJ- und UPGMA-Bäume wird ebenfalls analysiert. Wir zeigen durch umfangreiche Computersimulationen, dass der phylogenetische Baum die Substitutionsdistanz widerspiegelt. Die Wirkung der Max-Mini-Branch-&-Bound-Methode und des Minimini-Heuristikmodells sowie die Log-Likelihood im Zusammenhang mit einem merkmalsbasierten Baum werden ebenfalls diskutiert. Wir haben ML und MP für eine perfekte Analyse der Proteinbeziehungen angewendet. Wir kommen zu dem Schluss, dass Substitutionsmodelle, Formparameter, Suchebene und SBL eine entscheidende Rolle bei der Rekonstruktion des phylogenetischen Baums spielen. Die Studie der molekularen Uhr zeigt, dass der χ2-Wert bei eng verwandten Proteinen höher ist als bei weit entfernt verwandten.