Zeitschrift für Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrakt

Vergleichende genomische Analyse der ADP-Ribose-1′′-Monophosphatase in 19 Arabidopsis thaliana- Ökotypen

Huifang Jiang, Haichao Wei, Chunyun Jiang, Wei Sun, Wen Dong, Nini Chen, Hui Zhang, Yanxiu Zhao und Zenglan Wang

ADP-Ribose-1′′-Monophosphatase mit A1pp- oder MACRO-Domäne ist ein wichtiges Verarbeitungsenzym in Zellen, das am Spleißen der t-RNA-Verfahren beteiligt ist und die Umwandlung von ADP-Ribose-1′′-Monophosphat in ADP-Ribose katalysiert. Wir haben zwei Gene, AT1G69340 und AT2G40600, in Arabidopsis thaliana identifiziert und festgestellt, dass trotz vieler Unterschiede in den Aminosäuren die räumliche Struktur der konservierten Regionen ähnlich ist. Außerdem haben wir die Unterschiede in der Sequenz von Promotor, codierender Region und nicht-translatierter Region anhand der Daten des Gesamtgenoms von 19 Ökotypen analysiert und die Expression beider Gene in unterschiedlichen Geweben in Col-0 und in Sämlingen in 19 Ökotypen anhand der AtGenExpress-Datenbank und der RNA-Sequenzdaten verglichen. Wir haben festgestellt, dass dasselbe Gen in einigen Ökotypen unterschiedliche Expressionsmuster aufweist und dass die beiden Gene gemäß den Daten von Col-0 mit Ausnahme der Blütenorgane und Samen ähnliche Expressionsmuster aufweisen. Diese Ergebnisse deuten darauf hin, dass sich die Regulationsmechanismen der Expression dieser Gene in diesen Ökotypen aufgrund der Vielfalt der Transkriptionsfaktoren und Transkriptionsfaktor-Bindungsstellen geändert haben. Vor allem wird unsere Forschung einige Informationen zur Beschreibung der Genfunktion und der Ökotypkandidaten liefern, die zur Untersuchung der Genfunktion verwendet wurden.