Comoé Koffi Donatien Benie, Adjéhi Dadié, David Coulibaly N'Golo, Nathalie Guessennd, Solange AKA, Koffi Marcellin DJE und Mireille Dosso
P. aeruginosa kann an Lebensmittelvergiftungen beteiligt sein. Es ist hoch pathogen für immungeschwächte oder immungeschwächte Personen und verursacht eine hohe Morbiditäts- und Mortalitätsrate. Ziel dieser Studie war es, den phylogenetischen Marker zu bestimmen, der für die molekulare Identifizierung von Pseudomonas aeruginosa geeignet ist. Die Reinheit und Konzentration der Nukleinsäuren wurden durch Spektrophotometrie bestimmt. Empfindlichkeitsreaktionen unter Verwendung phylogenetischer Marker (16S RNAr, recA, rpoB, STS1) und die Schwellenwerterkennung von 42 Stämmen wurden durch Polymerase-Kettenreaktion (PCR) bewertet. Mit einer durchschnittlichen Absorption bei 230 nm von 2,1 weisen die DNA-Extrakte ein durchschnittliches Verhältnis (A260/A280) von 1,7 auf. Die Nachweisschwelle des Pseudomonas aeruginosa-Referenzstamms ATCC 27853 betrug 0,8 μg/ml für rpoB und 7,6 μg/ml für jeden der 16S-Marker RNAr und recA. Die Nachweisschwelle der positiven Kontrollstämme CP2: 1125A und CP3: API betrug 1,2 μg/ml bzw. 0,1 μg/ml bei Verwendung des rpoB-Gens. Für das recA-Gen betrug dieser Schwellenwert 12,3 μg/ml bzw. 0,9 μg/ml. Die Sensitivität des rpoB-Housekeeping-Gens betrug 97,4 %, gefolgt von recA und 16S RNAr mit 87,2 % bzw. 82,1 %. Die phylogenetische Auflösung der rpoB-Gene war höher als die der 16S-rRNA- und recA-Gene. Mit dem ITS1-Marker wurde keine Sensitivitätsreaktion beobachtet. Die Qualität und Reinheit der Nukleinsäuren sowie die Wahl des phylogenetischen Markers zählen zu den wichtigsten Faktoren für die PCR-Analyse.