Davit Bzhalava und Joakim Dillner
Der Nachweis bekannter und unbekannter Viren in Bioproben wird heute routinemäßig mithilfe der viralen Metagenomik durchgeführt. Da die Sequenzierungsgeschwindigkeit und die Kosten pro Base mit neuen Sequenzierungstechnologien der nächsten Generation wie HiSeq (Illumina), 454 GS FLX (Roche), SOLiD (ABI) und Ion Torrent Proton (Life Technologies) rapide sinken, ist die bioinformatische Analyse heute ein äußerst wichtiger und zunehmend anspruchsvoller Teil der viralen Metagenomikanalyse. In dieser Übersicht beleuchten wir einige der größten Herausforderungen und die am häufigsten eingesetzten bioinformatischen Tools für die virale Metagenomik.