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Abstrakt
BioGyan: Ein Tool zur Identifizierung von Genfunktionen aus der Literatur
Shiva Kumar, Vijaykumar Ghadage, Indhupriya Subramanian, Aarti Desai, Vivek K Singh und Abhay Jere
Hintergrund: Das Hauptziel der biowissenschaftlichen Forschung besteht darin, komplexe zelluläre Mechanismen und das Zusammenspiel verschiedener Gene/Proteine in zahlreichen zellulären Prozessen zu verstehen. PubMed ist hierfür nach wie vor die wichtigste Quelle für biomedizinische Informationen, obwohl es zahlreiche andere Datenbanken wie UniProt, Protein Data Bank (PDB) und Reactome gibt.
Ziel: Angesichts der großen Datenmengen aus Hochdurchsatztechnologien und zahlreichen Datenbanken ist die Suche nach relevanten Informationen zum Gen-Prozess-Phänotyp mittlerweile äußerst schwierig und mühsam geworden. Derzeit ist kein Tool verfügbar, mit dem PubMed und mehrere andere Datenbanken gleichzeitig nach umfassenden Informationen durchsucht werden können. Darüber hinaus liefert eine typische PubMed-Suche eine große Anzahl von Artikeln, die manuell durchsucht werden müssen, um relevante Literatur zu finden. Daher haben wir BioGyan entwickelt, ein Literatur-Mining-Tool, das die kombinatorische Suche nach Genen, Zelltypen und zellulären Prozessen in PubMed und anderen relevanten Datenbanken vereinfacht.
Methoden: BioGyan verwendet eine robuste Bewertungsmethode, um Artikel zu bewerten, die für die Suchbegriffe der Benutzer relevant sind. Die Bewertungsmethode basiert auf der gewichteten Summe des gemeinsamen Vorkommens von Begriffen zu Genen, Prozessen und Interaktionen in einer Zusammenfassung.
Ergebnisse: BioGyan ruft PubMed-Artikel ab, die die Assoziation zwischen abgefragten Genen und Prozessen, relevanten Pfaden aus Pfaddatenbanken und dreidimensionalen Strukturen aus PDB unterstützen. Zur einfachen Anzeige sind alle Informationen für den Benutzer in einem einzigen Fenster verfügbar. BioGyan zeigte eine Genauigkeit von 85,46 % bei der Vorhersage der Relevanz von Artikeln für eine Gen-Prozess-Assoziation und schnitt damit besser ab als PESCADOR.
Fazit: BioGyan verfügt über mehrere wichtige Funktionen wie Batch-Abfrage von Genen und Prozessen, Offline-Lesen von Artikeln, Export von Artikellisten als Bibliographie und Flexibilität für den Benutzer, die Artikelrelevanz zu überprüfen, was es zu einem wichtigen Werkzeug für die Literatursuche macht. Somit ist BioGyan ein einzigartiges Werkzeug, das eine ganzheitliche Suche in mehreren Datenbanken bietet und gleichzeitig den gesamten Prozess weitgehend automatisiert.