Tropenmedizin und Chirurgie

Abstrakt

Die vollständige Genomsequenzierung von Omikron identifizierte im November 2021 und Januar 2022 mehrere Ausbrüche und Einführungsereignisse in Indien

Shreedhanya D. Marathe, Varun Shamanna, Geetha Nagaraj, Nischita S, Muthumeenakshi Bhaskaran, KL Ravi Kumar

Die besorgniserregende Variante (VOC), Omikron, ist die vorherrschende Variante, die während der dritten Welle der SARS-CoV-2-Pandemie weltweit im Umlauf ist, einschließlich Indien. Die Weltgesundheitsorganisation hat diese stark mutierte Variante aufgrund ihrer hohen Übertragbarkeit und des Risikos einer Neuinfektion als VOC eingestuft. Zwischen Dezember 2021 und Januar 2022 wurden für SARS-CoV-2-PCR-positive Proben eine Gesamtgenomsequenzierung und -analyse durchgeführt. Von den 133 erkannten Omikron-Varianten wurde eine Genomanalyse durchgeführt, indem sie mit 1586 vollständigen Genomen von Omikron aus Indien kontextualisiert wurden, die von GISAID erhalten wurden. Die Prävalenz der Omikron-Variante in Indien hat in den meisten Großstädten innerhalb von 3 Monaten in einer logarithmischen Phase zugenommen. Anhand der begrenzten verfügbaren Sequenzierungsdaten wurde festgestellt, dass die Unterlinie BA.1 von November 2021 bis Januar 2022 in Indien vorherrschend war. Darüber hinaus wurde die erste Sequenz der Unterlinie BA.2 erst Mitte Dezember 2021 aus Delhi übermittelt. Die beiden beobachteten Ausbrüche betrafen die Variante BA.2 und breiteten sich in kurzer Zeit auf mehrere Städte aus. Die schnelle Ausbreitung und die spezifischen Mutationen in den Ausbruchsproben von Omicron weisen darauf hin, dass die Variante im Vergleich zu früheren Varianten hochgradig übertragbar ist. Die Studie zeigt, wie wichtig die Genomsequenz ist, um die Entstehung von Clustern zu erkennen und Maßnahmen zu ergreifen, um weitere Ausbreitungsereignisse zu verhindern.