Zeitschrift für Pharmakogenomik und Pharmakoproteomik

Abstrakt

Überprüfung von DNA-Isolierungsmethoden für die NGS-HERC-Analyse

Vanja Raščanec

Hintergrund/Ziel: Next-Generation-Sequencing (NGS) in der Onkologie beginnt mit qualitativ hochwertigem Ausgangsprobenmaterial, um zuverlässige NGS-Ergebnisse und anschließend eine genaue Datenanalyse zu erhalten. Hier präsentieren wir eine kurze Überprüfung der Herstellerdaten von drei verschiedenen Methoden der DNA-Isolierung aus derselben Probe, bei denen die DNA-Ausbeute mit der Lymphozytenzahl korreliert. Methoden: Vollblutproben wurden in EDTA-Röhrchen von Patienten gesammelt, die für einen NGS-Test auf erblichen Krebs (HERC) auf der Illumina MiSeq-Plattform überwiesen wurden. Wir haben Zahlen von 30 Patienten bereitgestellt. Die Lymphozytenzahl wurde auf einem Sysmex XN-1000-Analysegerät bestimmt. DNA wurde aus 200 µl Vollblut oder Buffy Coat unter Verwendung des Qiagen-Kits QiaAmp DNA Blood Mini Kit zur DNA-Isolierung sowie aus Vollblut auf QIAcube isoliert. Die Konzentration wurde auf einem NanoDrop™ Lite Spectrophotometer und Qubit4 gemessen. Ergebnisse: Basierend auf den erhaltenen Ergebnissen haben wir das Protokoll zur Verwendung der optimalen DNA-Isolierungsmethode für die NGS-Analyse bei Krebspatienten erstellt. Wir verglichen die DNA-Konzentration von drei verschiedenen Ausgangsproben und Methoden. Wenn die Lymphozytenzahl niedriger als 1,0 x 109/l ist, sind Buffy Coat und die QiaAmp-Methode die optimale Probe. Wenn die Lymphozytenzahl zwischen 1,0 und 2,5 x 109/l liegt, sind Vollblut und die QiaAmp-Methode die optimale Probe. In Fällen, in denen die Lymphozytenzahl höher als 2,5 x 109/l ist, kann eine QIAcube-Isolierung durchgeführt werden, um qualitativ hochwertige DNA und eine minimale DNA-Konzentration von 30 ng/µl zu erhalten, die für die anschließende NGS-Analyse ausreicht. Schlussfolgerung: In Anbetracht der möglicherweise niedrigen Lymphozytenzahl bei Krebspatienten haben wir ein optimales Protokoll zur DNA-Isolierung unter Verwendung verschiedener Ausgangsproben und Methoden entwickelt, um eine gültige DNA-Probe für die NGS-Analyse sicherzustellen.