Zeitschrift für Pflanzenpathologie und Mikrobiologie

Abstrakt

Verwendung des Translationselongationsfaktor-Gens zum spezifischen Nachweis und zur Diagnose von Fusarium xylaroides , einem Erreger der Kaffeewelke in Äthiopien, Ost- und Zentralafrika.

Olal S, Olango N, Kiggundu A, Ochwo S, Adriko J, Nanteza A, Matovu E, Lubega GW, Kagezi G, Hakiza GJ, Wagoire WW, Rutherford MA und Opiyo SO

Die vorliegende Studie präsentiert den ersten Bericht über die Anwendung der DNA-basierten Polymerase-Kettenreaktion (PCR) zum spezifischen Nachweis und zur Diagnose von Fusarium xylarioides (Anamorph: Gibberrela xylarioides). Fusarium xylarioides ist der Erreger der Kaffeewelke (Tracheomykose) und die Krankheit stellt die größte wirtschaftliche Einschränkung für die Robusta-Kaffeeproduktion in Uganda dar. Der Erreger tritt in zwei Varianten auf, eine ist pathogen für Robusta-Kaffee und die andere für Arabica-Kaffee, und nicht umgekehrt. Seine Labordiagnose beruhte hauptsächlich auf Mikroskopie, die langsam ist, eine schlechte Unterscheidungskraft hat, viel Fachwissen erfordert, nur bei Wirtspflanzen mit Symptomen anwendbar ist und den Erreger seitdem nicht im Boden nachweisen konnte. Das Gen des Translationselongationsfaktors 1α (TEF-1α) aus einer F. xylarioides, die aus einer infizierten Robusta-Kaffeepflanze isoliert wurde, wurde durch einen für die Gattung Fusarium spezifischen Primer amplifiziert und das PCR-Produkt sequenziert. Die Sequenzdaten wurden dann verwendet, um den spezifischen Primer zu entwickeln. Es stellte sich heraus, dass das Primer-BLAST-Produkt nur mit F. xylarioides-Sequenzen übereinstimmte, die zu 75 % aus der für Robusta und zu 25 % aus der für Arabica-Kaffee pathogenen Rasse bestehen. In-vitro-Tests mittels PCR zeigten, dass der Primer nur für F. xylarioides spezifisch ist, indem er ein 284-bp-Produkt amplifizierte und F. xylarioides von allen eng verwandten Arten von Fusarium und anderen getesteten Pflanzenpathogenen unterscheiden konnte. Darüber hinaus war er in der Lage, DNA von allen F. xylarioides-Isolaten aus verschiedenen Regionen Ugandas zu amplifizieren und DNA-Konzentrationen von nur 0,78 ng/µL zu amplifizieren.