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Abstrakt

Der Einfluss von Sequenzparameterwerten auf die phylogenetische Genauigkeit

Bhakti Dwivedi,*Sudhindra R Gadagkar

Eine genau abgeleitete Phylogenese ist für die Evolutionsforschung wichtig. Faktoren, die die Genauigkeit eines abgeleiteten Baums beeinflussen, können auf mehrere aufeinanderfolgende Schritte zurückgeführt werden, die zur Ableitung der Phylogenese führen. Wir haben hier die Auswirkungen einiger Merkmale von Nukleotidsequenzen in Alignments auf die phylogenetische (topologische) Genauigkeit untersucht und nicht etwaige Fehlerquellen während des Prozesses der Sequenzalignmentierung oder der Wahl der Ableitungsmethode (wie dies normalerweise geschieht). Insbesondere haben wir (mithilfe einer Computersimulation) die Auswirkungen der Änderung der Werte der folgenden fünf Parameter untersucht, einzeln und in Kombination: Sequenzlänge (l), Nukleotidsubstitutionsrate (r), Nukleotidbasenzusammensetzung (?), das Verhältnis von Übergangs- zu Transversionsrate (?) und die Heterogenität der Substitutionsrate zwischen den Stellen (?). Ein interessantes und unerwartetes Ergebnis war, dass ? eine starke positive Beziehung zur phylogenetischen Genauigkeit aufweist, insbesondere bei hohen Substitutionsraten. Diese simulationsbasierte Arbeit hat Auswirkungen auf empirische Forscher auf diesem Gebiet und sollte ihnen die Möglichkeit geben, aus den heute typischerweise verfügbaren mehreren Genen eine Auswahl zu treffen, um eine genauere Schlussfolgerung über die untersuchte Phylogenese zu ziehen.

Haftungsausschluss: Dieser Abstract wurde mit Hilfe von Künstlicher Intelligenz übersetzt und wurde noch nicht überprüft oder verifiziert.