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Abstrakt
Suppressive Varianten der Selenocystein-tRNA im vollständigen Genom von Methanopyrus kandleri AV19
Uttam Roymandal, Shib Sankar Das, Riya Rakshit und Satyabrata Sahoo4*
Frühere Studien haben bei Archaea das Vorhandensein mehrerer Intron-haltiger tRNAs und gespaltener tRNAs nachgewiesen. Die vollständige, ungekürzte Analyse der tRNA-Gene von Archaea bleibt aufgrund des Vorhandenseins verschiedener Arten von gestörten tRNA-Genen bei Archaea eine anspruchsvolle Aufgabe im Bereich der Bioinformatik. Hier haben wir eine Computermethode vorgeschlagen, die nach weit auseinander liegenden Genen sucht, die tRNA-Hälften kodieren, um unterdrückende Varianten fehlender tRNAs zu erzeugen. Angesichts der Existenz weit auseinander liegende gespaltener tRNA-Gene im gesamten Genom haben wir unseren tRNA-Suchalgorithmus entwickelt, um solche getrennten tRNA-Gene vorherzusagen, indem wir sowohl nach einem konservierten terminalen 5'- als auch 3'-Motiv von tRNA suchen, in Übereinstimmung mit der Split-Hypothese auf der Grundlage der Kleeblatt-Vorhersage und der präzisen In-silico- Bestimmung der sekundären Bulge-Helix-Bulge-Struktur an den Spleißstellen. Durch eine umfassende Suche nach fehlenden tRNA-Genen haben wir neue Varianten von Selenocystein-tRNA charakterisiert, die in Methanopyrus kandleri AV19 eingefügt gefunden wurden . Die Analyse der vollständigen Genomsequenz von M. kandleri AV19 enthüllte den mehrfachen Transkriptionsmodus einer nicht-kodierenden RNA, die UGA dekodiert, um Selenocystein (Sec) zu lesen, und legte eine weitere Untersuchung der gestörten tRNA-Gene 002E nahe.