Zeitschrift für mikrobielle und biochemische Technologie

Abstrakt

RNA-Extraktion aus der Hefe Candida parapsilosis Sensu Stricto unter Verwendung zweier kommerzieller Methoden basierend auf der Reinigung durch Silica-Säulen

Rodríguez ML, Rosa AC und Jewtuchowicz VM

Zur Untersuchung der Genexpression muss RNA guter Qualität gewonnen werden. Es wurden verschiedene Methoden zur RNA-Extraktion beschrieben, aber Qualität und Ausbeute der RNA können je nach Technik und untersuchten biologischen Spezies variieren. Bis heute gibt es keine standardisierte Methode zur Extraktion und Reinigung von RNA aus Hefen der Gattung Candida . Die wenigen verfügbaren Arbeiten zu diesem Thema beziehen sich hauptsächlich auf filamentöse Pilze und lieferten schlechte Ergebnisse für Extraktionstechniken, die auf manuellen oder hauseigenen IVD-Methoden beruhen. Ziel dieser Studie war daher, zwei kommerzielle Systeme zur RNA-Extraktion und -Reinigung unter Verwendung von Silica-Säulen (Qiagen und Zymo Research) mit Candida parapsilosis sensu stricto als Modellorganismus zu vergleichen. Diese Hefe wurde in aktuellen Arbeiten als die am zweithäufigsten isolierte Candida- Art in der Mundhöhle identifiziert. Im letzten Jahrzehnt stand sie zunehmend im medizinischen Interesse, da sie eine der Hauptursachen für Candidämie bei Erwachsenen und Frühgeborenen ist. Vor diesem Hintergrund erachten wir die Untersuchung des Transkriptoms von Candida parapsilosis sensu stricto und seiner Variationen in Abhängigkeit von Umweltveränderungen als vorrangig. In dieser experimentellen Studie wurden 19 Pilzisolate mit Qiagen und 17 Isolate mit Zymo Research verarbeitet. Die Ergebnisse legen nahe, dass der Qiagen-Lyse-Puffer RLT für die Gewinnung eines RNA-Produkts von besserer Qualität unerlässlich ist.