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Abstrakt
Neueste Technologien in der klinischen Mikrobiologie: Gesamtgenomsequenzierung (WGS) und Matrix-unterstützte Laser-Desorption-Ionisations-Flugzeit-Massenspektrometrie (MALDI-TOF MS)
Jeongsook Y
Das heißeste Thema der letzten Jahre im Bereich der klinischen Mikrobiologie ist die Anwendung der Gesamtgenomsequenzierung (WGS) in der klinischen Diagnostik und Therapie mit Hilfe der Methodik der Sequenzierung der nächsten Generation. Die Anwendung der WGS umfasst die Artenidentifizierung, epidemiologische Studien und die Untersuchung von antimikrobieller Resistenz usw. Die auf Einzelnukleotid-Polymorphismus (SNP) basierende Analyse erhöht die Genauigkeit und Sensibilität der Artenidentifizierung durch ausgeprägte Unterscheidungskraft, und die Fähigkeit, den Übertragungsprozess zu verfolgen, ermöglicht die Infektionskontrolle auch bei Ausbrüchen. Wir können den antimikrobiellen Resistenzmechanismus von Beta-Laktamasen oder Carbapenemasen mit erweitertem Spektrum aufklären und den Mechanismus der horizontalen Übertragung mobiler genomischer Inseln entschlüsseln. Bei der Entwicklung einer neuen PCR-Methode können Ziel und Primer anhand von WGS-Datenbanken ausgewählt werden. Die MALDI-TOF-Methode wird in fast allen Laboren zur Identifizierung von Bakterien-, Pilz- und Mykobakterienarten verwendet. Bei Patienten mit Bakteriämie ist eine direkte Identifizierung in Blutkulturflaschen möglich, und Beta-Lactamasen oder Carbapenemasen können nachgewiesen werden. Darüber hinaus kann es bei Shiga-Toxin E. coli, Salmonella-Serotypen oder C. difficile-Ribotypen angewendet werden.