Zeitschrift für Pflanzenpathologie und Mikrobiologie

Abstrakt

Schnelle Erkennung und Quantifizierung von Fusarium udum in Boden- und Pflanzenproben mittels Echtzeit-PCR

Sukumar Mesapogu, Bandamaravuri Kishore Babu, Achala Bakshi, Somasani S. Reddy, Sangeeta Saxena, Alok K. Srivastava und Dilip K. Arora

Für Fusarium udum, den Erreger der Gefäßwelke an Straucherbsen, wurde ein auf Echtzeit-PCR basierender Nachweistest entwickelt. Das Histon-3-Gen von F. udum wurde gezielt eingesetzt, um artspezifische Primer und Sonden zu entwickeln. Es wurde eine Vergleichsstudie durchgeführt, um ein zuverlässiges und reproduzierbares Verfahren zum Nachweis und zur Quantifizierung von F. udum aus verschiedenen Proben zu entwickeln. Die Sensitivität und Spezifität der Oligonukleotide wurden durch Dot-Blot-Hybridisierung sowie Standard- und Echtzeit-PCR-Tests bewertet. Die Sonde HFUSP zeigte eine hohe Sensitivität für DNA aus Reinkulturen von F. udum im Vergleich zu DNA-Proben aus der Umwelt. Der qPCR-Test unterschied F. udum spezifisch von eng verwandten Fusarium-Arten, anderen Testmikroben und Umweltproben. Die einzelne Schmelzkurve bei 84,17 und ein monomorphes Band von 200 bp weisen auf die Spezifität und Authentizität der PCR-Tests hin. Somit kann der Echtzeit-PCR-Test als schnelles und effektives Verfahren eingesetzt werden, mit dem sich kleinste Mengen von F. udum in komplexen Umgebungen nachweisen lassen. Daher kann der in der vorliegenden Studie demonstrierte Echtzeit-PCR-Test erfolgreich zum Nachweis und zur Überwachung von F. udum für die Frühinfektion und Krankheitsepidemiologie der Gefäßwelke der Straucherbse eingesetzt werden.