Muhummadh Khan, Kaiser Jamil
Die Rekonstruktion der Phylogenese hat in den letzten Jahren auf der Grundlage von Genreihenfolgedaten viel Aufmerksamkeit von Biologen und Informatikern auf sich gezogen. Ubiquitin ist in Eukaryoten weit verbreitet und spielt eine zentrale Rolle beim selektiven ATP-abhängigen Proteinabbau in Zellen. Es wird auch in mehreren Krebsarten stark exprimiert. Um seine Diversifizierung in Eukaryoten zu verstehen, haben wir diese Studie durchgeführt, um seine Phylogenese mithilfe verschiedener Computermethoden zu bestimmen. Alle Sequenzen des Ubiquitin-konjugierenden Enzyms wurden aus der Proteindatenbank (PDB) extrahiert und mithilfe der in PHYML implementierten MaximumLikelihood-Methode wurde der unverwurzelte phylogenetische Baum erstellt. Dieser Baum hatte vier Hauptcluster und einen Minicluster. Wir berechneten die Divergenz für die Cluster des Gens aus der ortsspezifischen Änderung der funktionalen Bedeutung in der Protein-Sequenzevolution. Die Divergenz wurde dann mithilfe von RASMOL auf die 3D-Struktur des ube2c-Proteins abgebildet, das aus der PDB-Datenbank (IL7K) stammte. Aus dieser Studie schließen wir, dass wir die genauen Stellen identifizieren konnten, an denen die aktive Evolution von E2s stattfindet, und es ist offensichtlich, dass diese Stellen einer starken reinigenden Selektion unterliegen. Wir gehen davon aus, dass diese Informationen einige nützliche Auswirkungen auf Neoplasien haben werden, da es Berichte gibt, dass Mutationen in diesem Protein wahrscheinlich das Tumorwachstum fördern.