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Abstrakt
Identifizierung von Trichoderma spp. durch DNA-Barcode und Screening auf zellulolytische Aktivität
Abdelmegid I Fahmi, Ragaa A Eissa, Khalil A El-Halfawi, Hanafy A Hamza und Mahmoud S Helwa
Die Artenidentifizierung von Trichoderma-Isolaten aus verschiedenen Gebieten des ägyptischen Nildeltas wurde durchgeführt und ihre cellulolytischen Aktivitäten wurden analysiert. Auf der Grundlage morphologischer Merkmale wurden 75 % der Isolate auf Artenebene identifiziert und in vier Gesamtgruppen unterteilt. Die morphologische Charakterisierung allein reichte nicht aus, um Trichoderma-Arten genau zu identifizieren, da sie relativ wenige morphologische Merkmale und begrenzte Variationen aufweisen, die zu Überlappungen und Fehlidentifizierungen der Isolate führen. Daher war es notwendig, eine molekulare Technik zu verwenden, um die Einschränkungen der morphologischen Charakterisierung auszugleichen. Die DNA-Sequenzierung der 5.8S-ITS-Region wurde unter Verwendung der spezifischen Primer ITS1 und ITS4 durchgeführt. Durch Vergleich der Sequenzen der 5.8S-ITS-Region mit den in GenBank hinterlegten Sequenzen mithilfe des BLAST-Programms können alle Isolate auf Artenebene mit einem Homologieprozentsatz von mindestens 99 % identifiziert werden. Darüber hinaus wurde das Suchtool TrichOKEY verwendet, um die Zuverlässigkeit von Genbank zu bewerten, und die Ergebnisse stimmten zu 92 % mit den BLAST-Ergebnissen überein. Die Daten wiesen auf eine geringe Artenvielfalt hin, wobei zwei Hauptarten vorherrschten, nämlich T. longibarchiatum und T. harzianum. Die Verteilung der Nukleotide sowie der (G+C)-Gehalt in der ITS-Region der Isolate wiesen auf eine große Bandbreite an Variationen zwischen den Arten hin. Schließlich wurden die Isolate mit einer Cellulose-Azure-Methode auf ihre Gesamtcellulaseaktivität, mit der Avicel-Methode auf ihre Exoglucanasenaktivität und mit Carboxymethylcellulose (CMC) und säuregequollenen Cellulosemethoden auf ihre Endoglucanaseaktivität untersucht. Folglich wurden elf Isolate als die besten unter den 28 Isolaten hinsichtlich ihrer cellulolytischen Fähigkeit ausgewählt.