Zeitschrift für Pharmakogenomik und Pharmakoproteomik

Abstrakt

Selbst gemachte 100 Paar-Basen-DNA-Leiter basierend auf dem bakteriellen Plasmid pMAL-C2X

Firuzeh Badreh1, Khodakaram Jahanbin2, Ali Khodadadi2, Ali Khorasani Zadeh2, Moosa Sharifat2, Milad Khayati2, Mohammad Rashno2,3

Hintergrund: Die meisten Forschungsergebnisse in der molekularbiologischen Forschung erfordern Markierungen wie DNA-Leitern, um bei Routineaufgaben die Länge von Nukleinsäurefragmenten mittels Elektrophorese zu erkennen und zu quantifizieren.

Methoden: In dieser Studie berichten wir über eine Methode zur Herstellung einer DNA-Leiter mit 100 Basenpaaren auf Basis der PCR-Technik. Das bakterielle Plasmid pMAL-C2X wurde als DNA-Vorlage in der PCR verwendet. PCR-Produkte wurden mit Phenol/Chloroform extrahiert, mit Ethanol gefällt und proportional gemischt.

Ergebnisse: Schließlich wurde ein Satz von 7 Primern (5 Rückwärts- und 2 Vorwärtsprimer) erfolgreich entwickelt. Die amplifizierten PCR-Fragmente wurden durch Nanodrop quantifiziert und die Bandengröße durch Gelelektrophorese zusammen mit einer mitwandernden kommerziellen 100-bp-Leiter in 1,5 % Agarosegel geschätzt. Die Ergebnisse zeigten, dass die klaren und scharfen Bänder von 100 bp-1000 bp erfolgreich durch eine PCR-Reaktion erzeugt wurden.

Fazit: Unser hausgemachtes Produkt ist ein wettbewerbsfähiges Produkt mit einem kommerziellen Markt und kann mit einer einfachen und kostengünstigen Methode und einer geringen Wahrscheinlichkeit unspezifischer Banden hergestellt werden.