Zeitschrift für Karzinogenese und Mutagenese

Abstrakt

Genomweite Identifizierung von IRF1-Bindungsstellen offenbart umfangreiche Belegung von Genen, die mit Zelltod in Zusammenhang stehen

Alessandro Rettino und Nicole M Clarke

IRF1 ist ein Transkriptionsfaktor, der an der Interferonsignalisierung beteiligt ist und nachweislich eine tumorsuppressive Aktivität besitzt. Um die von IRF1 regulierten Signalwege umfassend zu identifizieren, verwendeten wir Chromatin-Immunpräzipitation, gefolgt von massiver paralleler Sequenzierung (ChIP-seq), um die Genziele von IRF1 genomweit zu bewerten. Wir identifizierten insgesamt 17.416 Bindungsereignisse in Brustkrebszellen. Die funktionelle Kategorisierung der Bindungsstellen nach der Behandlung mit IFNgamma (Interferon-gamma) ergab, dass „Apoptose“ oder „Zelltod“ der am stärksten angereicherte Zielprozess ist. Die Motiventdeckungsanalyse der von IRF1 gebundenen Chromosomenbereiche identifizierte eine Reihe einzigartiger Motive, die mit Apoptose, DNA-Schäden und Immunprozessen korrelieren. Die Analyse von GEO-Transkriptomdaten von IRF1-transduzierten Zellen oder mit IFN-gamma behandelten Fibroblasten zeigt, dass IRF1-gebundene Ziele in mit IFN behandelten Zellen mit einer positiven transkriptionellen Reaktion verbunden sind. Viele der angereicherten Zielgene aus der Expressionsanalyse stehen mit Apoptose in Zusammenhang. Wichtig ist, dass diese Daten darauf hinweisen, dass eine wichtige Funktion von IRF1 die Regulierung von apoptotischen Antikrebswegen ist, was die Rolle von IRF1 als Tumorsuppressor verstärkt.