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Abstrakt
Metaanalyse der Genexpression von Tumorzellen des Dickdarms und des Rektums enthüllt Gene, die mit der Tumorentstehung in Zusammenhang stehen
Rutvi Vaja
Hintergrund: Jedes Jahr wird bei mehr als 12 Millionen Menschen Dickdarmkrebs (CRC) diagnostiziert und mehr als 600.000 Menschen sterben daran, was ihn zur zweittödlichsten Krebsart macht. Diese Arbeit analysiert die differenzielle Genexpression in CRC- und anderen Drüsentumorproben, um Expressionsänderungen zu identifizieren, die möglicherweise zur Entwicklung der CRC-Tumorbildung beitragen.
Methoden: Diese Arbeit definiert 13 Gensignaturen, die vier CRC-Tumoren und 10 andere Drüsentumoren repräsentieren, die ihren Ursprung im Dickdarm haben. Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) wird verwendet, um positive und negative CRC-Gen-Panels aus GSEA-identifizierten führenden Genen unter Verwendung von zwei CRC-Signaturen zu definieren. GSEA wird dann verwendet, um die Anreicherung und die führende Genzugehörigkeit von CRC-Panels in zwei unabhängigen CRC-Gensignaturen zu verifizieren. Die Analyse wird dann auf vier individuelle und 10 Drüsentumorsignaturen ausgeweitet. Gene, die am stärksten mit der CRC-Tumorentstehung assoziiert sind, werden durch Überschneidung der Zugehörigkeit von GSEA-identifizierten führenden Genen über Signaturen hinweg vorhergesagt.
Ergebnisse: Es ist eine signifikante Anreicherung zwischen den CRC-Genidentifikationssignaturen zu beobachten, aus denen die positiven (55 Gene) und negativen (77 Gene) CRC-Panels definiert werden. Es ist eine nicht zufällige signifikante Anreicherung zwischen den CRC-Genpanels und den Verifizierungssignaturen zu beobachten, aus denen 54 über- und 72 unterexprimierte Gene über die Vorderkanten hinweg gemeinsam sind. Betrachtet man andere Drüsentumorproben einzeln und in Kombination mit CRC, ist eine signifikante nicht zufällige Anreicherung über diese Signaturen hinweg zu beobachten. Acht Gene der Solute-Carrier-Familie wie (SLC25A32, SLC22A3, SLC25A20, SLC36A1, SLC26A3, SLC9A2, SLC4A4 und SLC26A2) aus dem CRC-Panel wurden über alle Vorderkanten der Gensignaturen hinweg gemeinsam genutzt, unabhängig vom Kolontumortyp.
Schlussfolgerung: Diese Metaanalyse identifiziert Veränderungen der Genexpression, die mit dem Prozess der CRC-Tumorbildung in Zusammenhang stehen. Diese Veränderungen können zur Entwicklung therapeutischer Behandlungen für CRC-Patienten beitragen.