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Abstrakt
Nutzung der denaturierenden Gradientengelelektrophorese zur Analyse der mikrobiellen Diversität
Shah-Abgeordneter
Eine Anwendung der Gradientengelelektrophorese der PCR-amplifizierten Hydrogenasegenfragmente wurde durchgeführt. Die vergleichende Analyse der [NiFe]-Hydrogenasegensequenzen wurde mit fünf verschiedenen PCR-Primern entwickelt. Diese Primer wurden in verschiedenen Kombinationen an genomischer DNA von verschiedenen Hydrogenase-haltigen und Hydrogenase-freien Bakterien getestet. Für Desulfovibrio-Arten schien nur ein Primerpaar spezifisch zu sein, während andere bei anderen Bakterien positive Ergebnisse lieferten. Durch Verwendung dieses spezifischen Primerpaars konnten wir die [NiFe]-Hydrogenasegene amplifizieren. Allerdings konnte erst nach DGGE-Analyse dieser PCR-Produkte die Anzahl der verschiedenen Desulfovibrio-Arten in den Proben bestimmt werden. DGGE-Analysen von PCR-Produkten aus verschiedenen Bioreaktoren zeigten bis zu zwei Radikale, wobei mindestens fünf unterscheidbare Banden in der mikrobiellen Mattenprobe nachgewiesen wurden. Da diese Gruppen wahrscheinlich ebenso viele Desulfovibrio-Arten in diesen Proben enthalten, schlussfolgern wir, dass die genetische Vielfalt in der natürlichen mikrobiellen Mattenart Desulfovibrio viel größer ist als in experimentellen Bioreaktoren.