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Abstrakt
Droplet-Digital-PCR bietet eine schnelle, genaue und kostengünstige Methode zur Identifizierung von Biomarker-Genotypen FcγRIIIa-F158V
Paul Griffith, David Sun, Sarah R. Tritsch, Caroline Jochems, James L. Gulley, Jeffrey Schlom und Xiaolin Wu
Die Entwicklung neuer monoklonaler Antikörper, Impfstoffe und onkolytischer Virustherapien beruht auf der Analyse von Biomarkern als potenziellen Erfolgsindikatoren. Ein gut untersuchter Biomarker ist der CD16/FcγRIIIa-Rezeptorrest 158 F/V. Die Identifizierung von Varianten durch Genotypisierung des FcγRIIIa-Locus ist weit verbreitet und sehr vielfältig. Zu den gängigen Methoden gehören: Sanger-Sequenzierung, Durchflusszytometrie, PCR/RFLP, Goldengate (ersetzt durch Infinium) und TaqMAN-Analyse. Obwohl jede dieser Methoden in Veröffentlichungen zu CD16 FcγRIIIa 158 F/V stark unterstützt wird, weisen die meisten erhebliche Mängel bei der zeit- und kosteneffizienten Identifizierung von Homozygoten (Wildtyp und Mutante) und Heterozygoten auf. Die Verwendung von Droplet-Digital-PCR mit FcγRIIIa-F158V-spezifischen Sonden führt zu einer genauen Genotypisierung durch direkte Erkennung der Sequenz in genomischen Proben zu geringeren Durchschnittskosten und schnellerer Bearbeitung. Hier demonstrieren wir die Verwendung von ddPCR zur genauen Identifizierung von FcγRIIIa-F158V-Genotypen mit Bestätigung durch Illumina-Sequenzierung in 128 Patientenproben.