Zeitschrift für Pflanzenpathologie und Mikrobiologie

Abstrakt

Entwicklung einer molekularen Methode zum spezifischen Nachweis von Begomovirusarten , die auf den Philippinen die Blattkräuselkrankheit bei Tomaten verursachen

Jeremy Roy Augustus I Gomez*

Aufgrund ihres wirtschaftlichen und ernährungsphysiologischen Werts sind Tomaten eine der bedeutendsten Gemüsepflanzen. Aufgrund einer durch ein Begomovirus verursachten Krankheit ist die Tomatenproduktion im Laufe der Jahre jedoch zurückgegangen. Begomoviren , die bei Tomaten die Kräuselkrankheit oder die Blattkräuselkrankheit verursachen, beeinträchtigen die Tomatenproduktion in vielen tropischen und subtropischen Gebieten der Welt. Die eingeschränkte Nachweisbarkeit dieser Pflanzenviren macht sie so schwer zu erkennen und zu kontrollieren. Ziel der Studie ist die Entwicklung einer molekularbasierten Methode zum spezifischen Nachweis von ToLCPV und ToLCCeV. Dies wurde erreicht durch: 1) Überprüfen, ob die veröffentlichten Primer an eine spezifische Begomovirusart binden können unter Verwendung multipler Sequenzalignment, 2) Entwerfen von Primern zum spezifischen Nachweis von ToLCPV oder ToLCCeV und Optimierung durch PCR, 3) Validieren der entwickelten Primer zum spezifischen Nachweis von ToLCPV und ToLCCeV anhand von im Feld gesammelten Proben, 4) Identifizierung des RFLP-Musters unter Verwendung der vollständigen genomischen DNA in silico . Veröffentlichte Primer konnten sich an ToLCPV-Stämme und ToLCCeV- und ToLCMiV-Arten anlagern und müssen daher in einem tatsächlichen Experiment validiert werden, um ihre Spezifität zu bestimmen. Die Primer ToLCPV19 und ToLCCeV19 wurden entwickelt, um spezifisch ToLCPV- bzw. ToLCCeV-Arten zu erkennen und die PCR wurde auf verschiedene Annealing-Temperaturen optimiert: 53℃, 55℃ und 57℃. Bei Verwendung der Primer ToLCPV19 und ToLCCeV19 wurden ca. 200 bp große Amplicons an mit ToLCPV infizierten Tomatenproben sowie an mit ToLCCeV infizierten Tomatenproben beobachtet. Es gab auch keinen Unterschied in der Bandengröße oder der Intensität der Bänder bei unterschiedlichen Annealing-Temperaturen. Die Validierung der entwickelten Primer wurde durchgeführt, jedoch nur an einigen ausgewählten Tomatenproben und daher sollte eine weitere Validierung durchgeführt werden, um die Spezifität der entwickelten Primer zu bestimmen. Die RFLP-Analyse zeigte, dass das Restriktionsenzym EcoRI zwischen ToLCPV, ToLCCeV und ToLCMiV unterscheiden konnte, da es pro Begomovirusart eine unterschiedliche Anzahl von Bändern produzierte .