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Abstrakt
Entwicklung und Anwendung eines Loop-Mediated Isothermal Amplification Assays zur schnellen Erkennung von Fusarium Oxysporum f. Sp. lycopersici
Mohammad Amin Almasi, Seyed Mohammad Hosseini Dehabadi, Aboubakr Moradi, Zahra Eftekhari, Mehdi Aghapour Ojaghkandi und Saeedeh Aghaei
Zum ersten Mal wurde ein zuverlässiges und schnelles Protokoll zum Krankheitserregernachweis entwickelt, das die kolorimetrische Loop-Mediated Isothermal Amplification (LAMP) zum Einsatz bringt, um Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici zu erkennen. Dabei wurden alle sechs LAMP-Primer (F3, B3, FIP, BIP, LF und LB) zusammen mit den PCR-Primern (F und R) auf der Grundlage des 28s-ribosomalen RNA-Gens (GenBank-Zugangsnummer: HM057281.1) des Pilzgenoms entwickelt. Obwohl PCR- und LAMP-Tests positiv infizierte Proben erfolgreich erkennen konnten, war letzterer unter Berücksichtigung von Zeit, Sicherheit, Kosten und Einfachheit insgesamt überlegen. Darüber hinaus zeigten die Ergebnisse, dass der LAMP-Test im Vergleich zur PCR 100-mal empfindlicher und 4-mal schneller war. Interessanterweise konnte die LAMP-Reaktion Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici erfolgreich ohne DNA-Reinigung erkennen (direktes LAMP). Unter den sechs visuellen Farbstoffen, die zur Erkennung von LAMP-Produkten verwendet werden, konnten Hydroxynaphtholblau, GeneFinderTM und SYBR Green I in einem geschlossenen Röhrchenansatz eine lang anhaltende, stabile Farbänderung und Helligkeit erzeugen, um das Risiko einer Kreuzkontamination zu vermeiden. Da LAMP insgesamt empfindlich, kostengünstig und relativ benutzerfreundlich ist und zudem genauere Ergebnisse liefern kann als frühere Diagnoseverfahren wie serologische Methoden, PCR und andere molekulare Methoden, schlagen wir diesen kolorimetrischen Test als äußerst zuverlässiges alternatives Pilzerkennungssystem zur Erkennung von Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici und wahrscheinlich auch anderen Pilzerkrankungen vor.