Zeitschrift für Bluterkrankungen und Transfusionen

Abstrakt

Nachweis von gemischtem Chimärismus auf niedrigem Niveau mittels Hochdurchsatz-SNP-Genotypisierung

Aleksey Nakorchevsky, Eunice Flores, Li Xiangyang, Tao Hong und Anders Nygren

Empfänger allogener Knochenmarkstransplantate (BMT) oder Stammzelltransplantate (SCT) müssen klinisch überwacht werden, um eine frühzeitige Diagnose von Nebenwirkungen nach der Transplantation wie Abstoßung, Graft-versus-Host-Krankheit (GVHD) oder einem Rückfall einer malignen Erkrankung zu ermöglichen. Die Triage der Transplantatempfänger in klinischen Umgebungen erfolgt durch Überwachung der minimalen Resterkrankung (MRD) und Messung des Ausmaßes der gemischten Chimäre in peripheren Blutlymphozyten (PBL). Während die MRD-Überwachung die Erkennung malignitätsspezifischer Marker umfasst, kann das Ausmaß der gemischten Chimäre über allgemeine PCR-basierte Methoden gemessen werden. Wir haben eine SNP-Genotypisierungsmethode entwickelt, um geringe Mengen gemischter Chimäre in PBL und genomischer DNA zu erkennen. Die Sensitivität wird durch Messung einer kumulativen Schiefe in Genotypisierungsdaten über eine Kohorte von 92 unabhängigen SNP-Markern erreicht. Diese Methode zeigte eine Sensitivität von 0,98 und eine Spezifität von 0,90 für 10 %, 5 % und 2 % gemischte Chimärismusproben. Die Gesamtspezifität der Methode beträgt 0,98 und die Genauigkeit 0,95. Die Ergebnisse zeigen eine 100-prozentige Übereinstimmung mit den STR-Daten für eine Reihe klinischer Proben. Der Vorteil dieser Methode gegenüber bereits etablierten Methoden besteht darin, dass sie keine krankheitsspezifischen Marker erfordert und multiplexierbar ist. Die Methode und die Analysesoftware können auch mit anderen Genotypisierungs- und Sequenzierungstechnologien verwendet werden.