Zeitschrift für biomolekulare Forschung und Therapeutik

Abstrakt

Konformationsuntersuchungen von [ 11 Ψ 12 (CN 4 )]ScyII und [ 15 Ψ 16 (CN 4 )]ScyII – zwei Scyliorhinin II-Analoga mittels 2D-NMR-Spektroskopie und theoretischen Methoden

Krzysztof Brzozowski, Emilia Sikorska, Hanna Miecznikowska, Katarzyna Konecko, Rafał Ślusarz, Jolanta Kumirska, Witold Mozga, Jacek Olczak, Janusz Zabrocki, Sylwia Rodziewicz-Motowidło und Zbigniew Kaczyński

Eine Konformationsanalyse zweier Analoga von Scyliorhinin II [11Ψ12(CN4])]ScyII und [15Ψ16(CN4)]ScyII wurde in DMSO-d6 durchgeführt. Dabei kamen 2D-NMR-Techniken und eingeschränkte Molekulardynamik zum Einsatz. Unsere vorhergehenden Studien hatten gezeigt, dass Scyliorhinin II in DMSO-d6-Lösung drei cis-Peptidbindungen einnimmt. Darüber hinaus fanden wir in seinen beiden Analoga [Aib16] ScyII und [Sar16]ScyII auch cis-Peptidbindungsgeometrien. Unter Berücksichtigung der oben genannten Punkte entschieden wir uns, umfangreiche Konformationsstudien an eingeschränkten ScyII-Analoga durchzuführen. Dafür führten wir in die beiden untersuchten Peptide Tetrazolgruppen ein. Diese Peptide wurden mit der Festphasenmethode unter Einsatz der Fmoc-Chemie synthetisiert. Im Fall der zwei Analoga wurden die folgenden Spektren aufgezeichnet: TOCSY, NOESY, ROESY, DQF-COSY und eine Reihe von Temperaturspektren. Um die endgültigen Strukturen zu erhalten, führten wir eingeschränkte Moleküldynamiksimulationen mit dem CHARMM-Kraftfeld durch, das im Programm XPLOR 3.11 implementiert ist. Unsere Berechnungen ergaben zwei Ensembles mit jeweils 10 Konformationen. Beim Vergleich der erhaltenen Strukturen stellten wir fest, dass die Einführung eines 1,5-substituierten Tetrazolrings die dreidimensionale Struktur sowohl lokal als auch global beeinflusst.