Zeitschrift für mikrobielle und biochemische Technologie

Abstrakt

Vergleich verschiedener Methoden zur Isolierung bakterieller DNA aus im Einzelhandel erhältlichem Austerngewebe

Qian Zhang, Min Dai, Yanhong Liu, Min Zhou, Xianming Shi und Dapeng Wang

Austern sind Filtrierer, die beim Fressen Bakterien im Wasser ansammeln. Zur Bewertung der bakteriellen genomischen DNA, die aus dem Gewebe von im Einzelhandel erhältlichen Austern, einschließlich der Kiemen und Verdauungsdrüsen, extrahiert wurde, wurden vier Isolierungsmethoden herangezogen. Die Extraktion der genomischen DNA erfolgte mit Allmag™ Blood Genomic DNA (Allrun, Shanghai, China), den MiniBEST Bacterial Genomic DNA Extraction Kits (Takara, Dalian, China) sowie den Phenol-Chloroform- und Siedelysemethoden. Die Konzentration der genomischen DNA wurde mit einem Spektralphotometer gemessen. Die Reinheit der genomischen DNA wurde mittels PCR-Amplifikation von 16S rDNA ermittelt, gefolgt von der Bestimmung der Klonierungseffizienz des Amplikons in den Vektor pMD19-T. Darüber hinaus wurde die Qualität der bakteriellen DNA auch durch PCR-Tests unter Verwendung eines Paars speziesspezifischer Primer für Vibrio parahaemolyticus bewertet. Unsere Ergebnisse zeigten, dass die beiden handelsüblichen Kits die DNA mit der höchsten Reinheit, jedoch mit der niedrigsten Ausbeute produzierten. Die Phenol-Chloroform-Methode lieferte die höchste Ausbeute, war jedoch zeitaufwändig. Die Siedelyse-Methode war einfach und kostengünstig; sie war jedoch nur geeignet, um genomische DNA aus Bakterien zu isolieren, die in Einzelhandelsproben nach einem Anreicherungsschritt vorhanden waren. Die beiden kommerziellen Kits waren gute Kandidaten für die Extraktion genomischer DNA aus im Einzelhandel erhältlichen Austerngeweben ohne Anreicherung.